Анафема у перекладі з грецької мови означає віддаляти, відлучати, виводити за коло чогось. У церковному вжитку вона починає функціонувати не зразу і в першохристиянських громадах не мала певного чину, тобто ще не була частиною життя церкви. Ми можемо фіксувати, що лише апостол Павло казав про можливість відлучення від товариства вірних тих, хто фактично не були християнами (1Кор. 5,1; 1Кор.5,5; Кор. 5,9-11; 1Кор.12,3; 1Тим.1,19-20; Гал. 1,8). Але Св. Іоанн Золотоустий казав, що ап. Павло щиро страждав під час проголошення анафеми: „Ніхто із вас, улюблені, не показав такої любові до Христа, як ця свята душа (Павло); ніхто із людей, крім нього, не насмілився сказати такі слова. Сама душа його горіла, коли він говорив: „Поповнюю нестачу у плоті моїй скорбот Христових за Тіло Його, яке є Церква” (Кол. 1,24); і ще: „Я жадав би сам бути відлученим від Христа за братів моїх” (Рим.9,3); і ще „Хто знемагає, з ким і я не знемагав би?” (2Кор. 11,29). І однак, маючи таку любов до Христа, він нікого не піддавав ні образі, ні примушенню, ні анафемі; інакше він не привів би до Бога стільки народів і цілих міст; але, піддаючись сам приниженню, бичуванню, образам, осміянню від всіх, він робив все це, виявляючи поблажливість, переконуючи і умовляючи.”
За апостольським прикладом відлучення стає частиною церковного життя і канонічного права давньої церкви. Повна анафема могла бути розпо-всюджена лише на єретиків і на тих, хто до Церкви не мав ні любові, ні послуху або не бажав повернутися до істини, покаятись і визнати церковне вчення. Християнська церква проголошувала анафему єретиків, але після довгої душпастирської роботи, і робила це з великим сумом та скорботою.
Анафема, яку проголошує московська Церква на гетьмана Івана Мазепу, не має ніякого зв’язку з канонами давньої Християнської Церкви. З її тексту можна з’ясувати тільки те, що провина І. Мазепи полягає в тому, що він відмовляється від Російської держави, а не тому, що він єретик. По-друге, її проголошує не вся Російська Церква, яка на той час не мала ні патріарха, ні соборів, ні синоду, а за наказом і в присутності царя Петра І. Цей ганебний антиканонічний „захід” відбувається 12 листопада 1708 року водночас в Троїцькій соборній церкві міста Глухова та в Московському Успенському соборі за участю митрополита Степана Яворського. Тобто це був не релігійний, а політичний акт, спрямований проти глибоко віруючої людини, яка все життя допомагала Православній Церкві і займалася її розбудовою на території України. Тому жодна з інших православних церков цю анафему на гетьмана Івана Мазепу не підтримала, як таку, що не відповідає церковним канонам.